À partir de 1501, s’élève, à l’emplacement de la plus grande mosquée de Grenade — les Maures seront définitivement chassés en 1492 — une cathédrale monumentale. Sa construction est une entreprise de très longue haleine, au point que la mosquée sera encore utilisée comme église catholique pendant un certain temps.
Dans la chapelle royale de la cathédrale, achevée avant l’église proprement dite, est aménagé un mausolée où l’on peut encore voir le tombeau des roi et reine catholiques Ferdinand et Isabelle, ainsi que celui de leur fille Jeanne la Folle et de son époux Philippe le Beau — el sepulcro de don Felipe y doña Juana, comme on dit ici. On peut y lire cette épitaphe :
« Privés de vie, survivants de la renommée, ce sépulcre recouvre Philippe, roi d’Espagne, premier du nom et de la dynastie autrichienne, que la mort, armée de sa faux, ayant trouvé mûr en vertus, moissonna jeune, le prenant pour un vieillard — il mourut en l’an de grâce 1506, à l’âge de 28 ans — et Jeanne, son épouse, à laquelle toutes les lignées royales de Castille, de León et d’Aragon donnèrent éclat — elle mourut en 1555, à l’âge de 75 ans. Que dire de plus ? De leur union naquit pour le monde l’illustre empereur Charles V, qui érigea ce monument à la mémoire de ses parents. » Sur l’un des quatre coins trône saint André, qui, en tant que saint patron bourguignon, symbolise à Grenade l’indéniable lien avec l’ancien duché de Bourgogne. Né à Bruges, Philippe le Beau est enterré en Espagne, mais son cœur sera placé dans la tombe de sa mère Marie de Bourgogne, dans l’église Notre-Dame de Bruges — l’urne contenant son cœur est aujourd’hui conservée au musée Gruuthuse. À l’Alhambra, on peut également visiter le palais de Charles Quint, fils de Philippe.